In pieno accordo con la teoria della supercompensazione il metodo della confusione muscolare viene in soccorso alla tendenza dei muscoli ad abituarsi ad una stimolazione continua, con il rischio di una riduzione della crescita ipertrofica. Il metodo della confusione muscolare, molto apprezzato dai body builders, prevede infatti una continua variazione sia degli esercizi, sia delle intensità di allenamento.
Il metodo della confusione muscolare viene messo in atto impiegando esercizi diversi e varianti d’esecuzione per allenare il medesimo muscolo, ma anche con intensità di allenamento variate periodicamente. Agendo sia sui tempi di recupero sia sul numero di serie e ripetizioni si sottopone ogni volta il muscolo a eventi stressanti diversi. In linea con la teoria della supercompensazione il muscolo viene colto impreparato e si incentiva la sua crescita muscolare e la sua resistenza per far sì che in futuro possa sopportare un lavoro muscolare simile.
